1900年10月9日开始收生开课。其中，学校的第一批著名科学家有教授尼古拉·马特维耶维奇·基斯内尔，他发现了亚烷基肼的催化反应；教授西奥多·爱德华多维奇·莫连为西伯利亚高等数学教育与数学研究奠定了基础；教授叶夫根尼·弗拉季斯拉沃维奇·比龙发现了元素二次周期性；教授鲍里斯·彼得罗维奇·温伯格是著名的物理学家与冰川学家；教授弗拉基米尔·阿法纳塞维奇·奥布鲁切夫是学校矿业系组织者，西伯利亚矿山地质学派创始人等。

1944年，该学校更名为托木斯克理工学院。

1962年，在无线电工程系的基础上，成立了托木斯克无线电电子与电子工程学院。

1965年，【转自公众号：喀秋莎俄罗斯留学】《天狼星》同步加速器实现以1.5 GeV（十亿电子伏）物理发射。

1967年，该学院的核研究反应堆启动。

1981年，科学教学综合体《控制论》被加入到托木斯克理工学院的体系中。

1991年10月18日，将托木斯克理工学院更名为托木斯克理工大学。

1997年，托木斯克理工大学成为俄罗斯联邦人民特别珍贵的文化遗产。

2013年7月，托木斯克理工大学被列入《俄罗斯领导大学》竞赛的优胜者名单。

在托木斯克理工大学个别院系和专业的基础上，在不同时期在莫斯科、新西伯利亚、鄂木斯克、托木斯克、谢韦尔斯克、克拉斯诺亚尔斯克、伊尔库茨克、克麦罗沃、巴尔瑙尔、赤塔、哈巴罗夫斯克及其他俄罗斯城市开设了约20所独立大学。